No TSO uso o JOB abaixo:
//D08PPROG JOB (0007,7744),DES,CLASS=A,TIME=1440,
// NOTIFY=&SYSUID,MSGCLASS=A,REGION=0M
//*
//ISRSUPC EXEC PGM=ISRSUPC,COND=(00,NE),
// PARM=(DELTAL,LONGLN,LINECMP,,)
//NEWDD DD DSN=PROG.DES.SOURCE(EXE1300),
// DISP=SHR
//OLDDD DD DSN=PROG.PROD.SOURCE(EXE1300),
// DISP=SHR
//OUTDD DD SYSOUT=*
//SYSIN DD *
CMPCOLM 001:072
//*
Um utilitário externo muito bom é o Ultracompare Professional que compara através de FTP.
O endereco é
http://www.ultracompare.com